肠菌研究现状与困局

        首先还是看下我国18年肠菌研究的热度（这两年大文章不断，这里数据可能可能只是其中一部分），其实我今天的内容的也是针对这些人。

          中文期刊中研究肠菌的方向，除了食品开发外，绝大多数是医学研究。这里超过80%仅用到16S测序技术，都停留在初级的细菌种属判定阶段；但随着测序的普及及科研水平的提高，16S测序的简单结果已不能满足科研要求了，于是有人转向了宏基因组，也有人转向多组学联合：16S测序+代谢组、16S测序+蛋白组学。

          这里着重讲16S+代谢组。用16S分析细菌种属结构变化，用代谢组学分析的代谢小分子变化，两者交叉得到的结果，既丰富又具有后续延展性，目前很多大文章也正是这么做的。大家可以看看一篇文献解读（在cell发表的）：http://www.dxy.cn/bbs/topic/41684992 。

          这里仍然有一个问题：代谢组学测得体内是全部小分子，这里有宿主产生的，也有细菌产生的。如果是宿主自身代谢物变化导致疾病，那么跟肠菌结构异常就没半毛钱关系。上面的作者为了把关键代谢物与特定细菌的关系证明清楚，所花费的工作量是巨大的。

           为了解决这个问题，有人转向宏基因组+代谢组学，宏基因组能解释功能，跟代谢小分子能一一对应上。这个解决方案非常好，但成本也非常高，对于经费有限的科研工作者是望洋兴叹。有个折中办法就是把代谢产物的来源做个分类，哪些是菌产生的，哪些是宿主产生的，有个公司正是做了这样的工作：它们把肠菌数据库的3000多种物质来源做了分类，哪些是菌特有，哪些是宿主特有，哪些是它们共有的，详细信息见下列链接：

https://mp.weixin.qq.com/s/57TTVtpJ4uhHCW-UkkQinQ 。

肠道菌群的研究领域

         肠菌涉及哪些领域呢？首先受到关注的是医学，绝大多数疾病的发生发展都与肠菌密切相关，涵盖的疾病谱包括中枢性疾病（自闭症，帕金森氏病）、慢性代谢性疾病（肥胖、脂肪肝、糖尿病、高血压、心血管疾病、高脂血症等）、呼吸系统疾病、免疫性疾病、恶性肿瘤（肝癌等）等等，而且，肠道菌稳态与失衡更是影响药物药效及毒副作用的重要因素。

         其次是药学，凡通过口服的药物，肠道菌群必定参与药物的代谢。肠菌是如何参与药物代谢一直是研究的重点与难点，假如研究足够清楚，那么涉及药物将变得更加容易与快捷。此外，肠道菌群与中药代谢密切相关，是探索中医学理论与中药药效机制研究的重要突破口。

          再其次是畜牧业，饲养动物的健康与肠道菌群密切相关，其结果直接影响我们口粮的丰富程度。目前各种兽用抗生素的泛滥，环境污染，都导致我们的食物——鸡鸭鱼肉生长健康收到影响，最终严重影响我们人类的健康。这个形势日趋严峻，使许多国家把研究动物得肠道菌群早早提上日程。

           还有一些我们暂时忽视得领域，如食品安全。总之，肠道菌群或直接或间接影响着我们生活得方方面面，已经像空气和水一样重要，成为我们生命的一部分。所以现在如火如荼的肠菌产业蓬勃发展，也就不奇怪了。

附记

          在研究肠菌时务必要有全局思想：人体是一个生态整体，细菌和细胞都是我们机体的组成部分，他们是相互影响和作用的，共同参与我们机体的各种生理活动；任意外界刺激终将是网状的多重的联级反应。所以当我们研究肠菌或疾病时要从整体着眼，不能割裂开来只对孤立的某细胞、某器官或者某些细菌着手研究，否则达不到最终目的的！

         如果有什么问题欢迎留言讨论。附件是几篇肠菌的文献，大家可参考看看。

          下面链接是肠道菌群研究策略的文献解读，大家可以学学不同场景和领域中的研究思路：

       http://www.dxy.cn/bbs/topic/41586097

• Nature帕金森与肠道菌群.pdf(4237.89k)


• Nature Reviews：食物-菌群相互作用及个性化营养（综述）.pdf(1555.23k)

这篇帖子对肠菌的立体结构有详细的解析！

 http://www.dxy.cn/bbs/topic/42198468